Se considera que el primer europeo que avistó la península de Baja California fue el navegante español Fortún Jiménez en 1533, al mando de una expedición financiada por Hernán Cortés. Sin embargo, el descubrimiento oficial se atribuye a Francisco de Ulloa, quien exploró el golfo de California y confirmó que Baja California era una península en 1539. Ulloa también fue el que le dio el nombre de «California», inspirado por una novela de caballería del siglo XVI.

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Los primeros exploradores españoles que llegaron a Baja California encontraron una tierra árida y desolada, habitada por poblaciones indígenas nómadas que se dedicaban a la caza, la pesca y la recolección. Los nativos, llamados «californios» por los españoles, vivían en casas de ramas y pieles de animales y tenían una cultura basada en el culto a las fuerzas de la naturaleza.

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Durante el siglo XVII, varias expediciones intentaron colonizar Baja California, pero fracasaron debido a la hostilidad del clima, la escasez de recursos y la resistencia de los nativos. No fue hasta 1697 que los misioneros jesuitas lograron establecer la primera misión permanente en Loreto, iniciando así un proceso de evangelización y asentamiento que duraría más de un siglo. Los jesuitas fundaron otras 17 misiones a lo largo de la península, donde enseñaron a los indígenas la agricultura, la ganadería, la artesanía y el idioma español.

Sin embargo, la presencia española en Baja California no estuvo exenta de conflictos y dificultades. Los nativos sufrieron enfermedades, explotación y rebeliones contra los misioneros, que fueron expulsados por el rey Carlos III en 1767. Los franciscanos y los dominicos tomaron el relevo de las misiones, pero tuvieron que enfrentarse a la competencia de otras potencias europeas, como Rusia e Inglaterra, que también tenían interés en la región. Además, la independencia de México en 1821 supuso un cambio político y administrativo que afectó a la organización y el desarrollo de Baja California.

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En el siglo XIX, Baja California vivió una serie de acontecimientos que marcaron su historia. En 1846, durante la guerra entre México y Estados Unidos, un grupo de colonos estadounidenses se sublevó y proclamó la República de California, que duró solo unos meses. En 1848, el Tratado de Guadalupe Hidalgo cedió a Estados Unidos la Alta California, pero no la Baja, que permaneció bajo soberanía mexicana. En 1853, el aventurero francés Gaston de Raousset-Boulbon intentó crear una república independiente en Sonora y Baja California, pero fue derrotado y fusilado por las tropas mexicanas. En 1888, el gobierno mexicano dividió la península en dos territorios: Baja California Norte y Baja California Sur.